Landskapet i Viksjö domineras av Mjällåns dalgång, som är en nord-sydorienterad sprickdal - uppkommen vid ett vulkanutbrott vid Alnön miljoner år tillbaka. Dalgången innehåller mäktiga sedimentlager från istidens avsmältningsskede för ca 8 000 år sedan. Då mynnade nämligen här en stor isälv ut i den havsvik, som gick in i dalgången. Under en längre tid låg älvens utlopp kvar vid trakten av Hornsjön. Där bildades ett stort delta. De små tjärnarna i det området är så kallade dödisgropar, d.v.s. skapade när stora isblock bäddades in i sedimenten och sedan smälte. På Hornsjömon finns också tydliga dynbildningar, som uppkommit genom vindens omlagringar av deltasanden efter istiden. Berg över 260-280 meter låg under isens avsmältningsskede här i Viksjö som öar i en skärgård.
Efter istiden har främst Mjällån format dalgångens utseende, med raviner, terasser, nipor och krång. En vackert bildad nipa ser man strax uppsrtöms åns sammanflöde med viksjöån, söder om kyrkan. På ömse sidor av dalgången återfinns kommunens högst belägna partier (över 400 meter över havet).
Mjällåns dalgång hyser en intressant flora. Utmed åns stränder växer t.ex. den ovanliga mandelpilen. I raviner strax söder om Käckelbäcksmon finns de sällsynta gräsen sötgräs, glesgröe, storgröe och köseven. Flera av de solvarma bergsbranterna utmed dalgången är så kallade sydväxtberg av hög rang. Bastusjöberget hyser bland annat smällvedel (en av sex växtplatser i landet), hässelklocka, liten fetknopp, fjällskråp och fjällskära. Även vid Billbergets sydbrant finns både fjäll- och sydliga växter; fjällbräcka (en av få lokaler i Ångermanland), klippbräcka och bergviol (även kallad Sundsvallsviol, Viola collina). Platsen är den enda i landskapet för denna violart och den nordligaste i landet.
Bland djurlivet kan nämnas en rik förekomst av bäver. Björn och lo finns i markerna, och tidvis även någon enstaka varg.
